Organizacja polskiego szkolnictwa ruszyła jesienią 1945 roku. Pierwszy dzwonek zabrzmiał 1 września w tymczasowej siedzibie przy obecnej ulicy Mieszka I. Trzech nauczycieli objęło wówczas opieką 150 dzieci podzielonych na cztery oddziały. Warunki były surowe, brakowało podręczników i podstawowych pomocy naukowych. Sytuację lokalową rozwiązało przeniesienie placówki w marcu 1946 roku do obiektu przy ulicy Szkolnej 15, gdzie szkoła funkcjonuje do dziś.

Kolejne dekady przyniosły formalne ugruntowanie pozycji placówki w strukturach oświatowych. 28 lutego 1963 roku nadano jej imię Janusza Korczaka, a w dziesięciolecie tego wydarzenia, w 1973 roku, Komitet Rodzicielski przekazał szkole sztandar. Dokumenty archiwalne pokazują stały wzrost liczby uczniów w latach 60. i 70., co wiązało się z rozbudową miejskiej infrastruktury i napływem nowych mieszkańców do Chojny.

Ostatnie ćwierćwiecze to czas adaptacji do zmian ustrojowych i prawnych. W następstwie reformy strukturalnej z 1999 roku utworzono Zespół Szkół, w skład którego weszły podstawówka oraz nowo powstałe Gimnazjum. Proces stopniowego wygaszania klas szkoły podstawowej zakończył się w 2004 roku. Przez kolejne lata w budynku funkcjonowało wyłącznie Gimnazjum im. Janusza Korczaka. Stan ten zmienił się w 2017 roku, gdy decyzją 8-letnią Szkołę Podstawową.

Obecnie placówka prowadzi działalność dydaktyczną dla kilkuset uczniów z terenu gminy Chojna, osiągając w sprawdzianach zewnętrznych wyniki plasujące ją w czołówce powiatu gryfińskiego. W maju 2026 roku szkoła oficjalnie rozpoczęła obchody 80-lecia działalności. Mimo całkowitej wymiany pokoleniowej i zmian państwowych, budynek przy ulicy Szkolnej 15 nieprzerwanie od 1946 roku pełni tę samą funkcję publiczną.